Во-первых, покрытосеменные (цветковые) делятся на два класса: однодольные и двудольные. Из этого - различия в строении семени.
Во-вторых, существует много семейств цветковых растений, и все они отличаются друг от друга морфологически. Разное строение цветка (лепестки, чашечка, тычинки - формула), соцветия. Разные формы листа и края листовой пластинки. Разный тип жилкования листьев. Разное расположение листьев. Разная корневая система. Разная форма растения (кустарники, кустарнички, деревья и т.д.). Разная восприимчивость к свету (светолюбивые, тенелюбивые, теневыносливые) Разные соцветия. Разный способ опыления. Разный тип опыления.
И это еще не всё, а только то, что приходит на ум в первую очередь