Основная часть молекулярного азота включается в круговорот благодаря деятельности азотфиксирующих бактерий,некоторые из которых формируют устойчивые симбиотические сообщества с клубеньками высших растений. Основным природным симбиозом такого рода является симбиоз клубеньковых бактерий и бобовых растений. Продукты первичной биогенной азотфиксации представлены в форме аммиака и соединений аммония.