Предположим что вместе. Тогда будет каша - скажете вы. Ведь если инструкции хранить с операндами вместе, то их неразличить. Нет, ответим мы и укажем адрес первой инструкции и её размер, а после идёт операнд с определённым размером и опять инструкция.
Предположим что раздельно. Да, но нам потребуется два потока памяти. Один под инструкции и второй под операнды. И флэшка у нас одна и две части из неё никак не выделить. Хорошо, будем половину памяти флэшки заполнять инструкциями, а вторую - операндами.
Одним словом - как хотим, так и будем хранить. Только надо со всеми остальными ЭВМ согласовать.