В ВОВ МиГ-3 использовался в различных вариантах. Его основные качества — большой потолок (12 тыс. м) и скорость на высотах более 5 тыс. м позволяли советским лётчикам успешно вести бои с бомбардировщиками и разведчиками противника. К началу войны истребителей МиГ-3 было в строю значительно больше, чем ЛаГГ-3 и Як-1,и на них было переучено немало лётчиков. Однако МиГ-3 был ещё недостаточно освоен строевыми лётчиками, переучивание большинства их ещё не было завершено, и возможности самолётов не всегда использовались. Сравнение с другим массовым истребителем начала войны — И-16, ведущим свою историю с 1933 года, было явно не в пользу МиГа. И-16, самый маленький истребитель Великой Отечественной войны, был чрезвычайно манёвренным (даже более, чем Як-1), мотор надёжно защищал лётчика от лобовой атаки, техническое обслуживание было весьма простым. Но управлять им было непросто, он отзывался на любую дрожь руки. МиГ, напротив, был «тяжёлым» в управлении, маломанёвренным на малых и средних высотах.