1) В первом примере мы не пишем "is" потому, что "come" - это глагол. Так как в предложении стоит местоимение "he", мы добавляем окончание "s".
2) Во втором предложении мы пишем "is" потому, что "late" - это прилагательное. Так как в предложении стоит местоимение "he", мы пишем глагол "to be" в форме "is". Дословно это предложение переводится - Он всегда есть опоздавший. Но правильно перевести - Он всегда опаздывает.
Удачи в учёбе!