Большую часть территории покрывают леса. Только в Алтае растут ленточные сосновые боры. В горной части Алтая встречаются кедрово-пихтовые леса, березы, сосны. Часто встречается лиственница. В алтайских лесах произрастает кедр, можно встретить также тополь, осину, берёзу. Несколько десятков видов кустарников, среди них малина, смородина, голубика, ежевика, жимолость, брусника. Весной произрастает вечнозелёный маральник, багульник сибирский. Распространена в лесах лапчатка, таволга, можжевельник, облепиха.