Дыхание учащается, потому что активно работающие мышцы потребляют кислород в очень большом количестве, стало быть, нужно пропускать через мышцы больше крови. Как это сделать? Увеличив частоту сердечных сокращений. Чтобы кровь успела насытиться кислородом при увеличении частоты сердечных сокращений, необходимо участить дыхание. Регулируют всё это дело центры в стволе головного мозга - дыхательный и сосудодвигательный, согласованно активируя симпатическую нервную систему в спинном мозге.
Боли, видимо, от накопления молочной кислоты - ядовитого продукта обмена в мышцах, появляющегося в результате активной нагрузки.