Уже 15 июля митинг негодования в Бирмингеме окончился кровавым столкновением народа с полицией. Полиция стреляла, народ, хотя и плохо вооружённый, защищался; в результате — много убитых с обеих сторон, пожар, в котором сгорело 30 деревянных домов, масса арестов и судебных процессов.
4 ноября 1839 года толпа в 10 000 человек, из которых некоторые были вооружены ружьями, пиками, вилами, напали на тюрьму в Ньюпорте, где были заключены многие чартисты, и сделали попытку их освободить. Во время перестрелки было убито 10 и ранено 50 чартистов.
В конце 1839 года 380 чартистов, в том числе все вожди, были приговорены к тюремному заключению на сроки от 1 месяца до 2 лет. Чартистское движение на время затихло.
Однако, уже тогда появилась книга Томаса Карлейля «Chartism», в которой доказывалось, что уничтожить чартизм нельзя, не уничтожив нужды. Действительно, уже летом 1840 года началось оживление в местных чартистских ассоциациях, а 20 июля 1840 года собрался в Манчестере съезд представителей чартистских ассоциаций, на котором была основана центральная (федеративная) организация чартистов (National Charter Association) из представителей местных ассоциаций. На этом конвенте восторжествовало умеренное крыло чартистов и была принята резолюция проводить хартию исключительно конституционными способами. Но в следующие же месяцы в национальной чартистской ассоциации вновь стало заметным революционное течение, в особенности по мере того, как она стала пополняться выпускаемыми из тюрьмы, с ореолом мученичества, вождями первого чартистского движения.
В этой второй фазе чартистского движения делается заметной роль Бронтерра О’Бриена, у которого были некоторые социалистические стремления; он находил, что дело идёт не о частных реформах, а о коренном преобразовании всего экономического строя, и был безусловным противником каких бы то ни было соглашений с консерваторами. Однако, ещё большей популярностью пользовался О’Коннор, ненавидевший вигов и потому готовый поддерживать консерваторов; под его влиянием чартисты поддержали консерваторов на парламентских выборах 1841 года, и последние одержали победу в значительной степени благодаря им.