Родился в Баку 11 сентября 1862 года в семье потомственного дворянина, капитан-лейтенанта Российского Императорского Флота Александра Васильевича Канина. В 1882 году окончил Морской кадетский корпус. В 1896—1897 годах находился в заграничном плавании на эскадренном броненосце «Император Николай I», командовал миноносцами «Орёл» и «Глухарь». Участник китайской кампании 1900—1901, затем флагманский минер практической эскадры Чёрного моря. В 1902—1903 годах старший офицер канонерской лодки «Черноморец». В 1903—1904 годах — старший офицер эскадренного броненосца «Георгий Победоносец». В 1904—1907 годах заведующий торпедным складом и пристрелочной станцией Севастопольского порта. В 1907—1908 годах командир канонерской лодки «Кубанец». В 1908—1911 годах командир линейного корабля «Синоп». В январе 1911 года переведён на Балтийское море, начальник 4-го дивизиона миноносцев и председатель Комиссии по наблюдению за постройкой кораблей. 6 декабря 1913 года произведён в чин контр-адмиралa «за отличие» и назначен Начальником отряда заградителей Балтийского моря (06.12.1913 — 1915). В августе—сентябре 1914 года успешно руководил постановкой минных заграждений на Балтике. 9 февраля 1915 года был присвоен чин вице-адмирала «за отличие в делах против неприятеля на основании Высочайшего повеления с 24 декабря 1914 года» с назначением исполняющим должности Начальника минной обороны Балтийского моря. 14 мая 1915 года, после смерти адмирала Н. О. Эссена, назначен командующим флотом Балтийского моря. В целях усиления обороны Финского залива, Або-Аландского района, Моонзунда и Рижского залива провел в 1915 году установку 10 новых береговых батарей на флангах Центральной минно-артиллерийской позиции, создал линию противолодочных сетей; сформирована Або-Аландская укреплённая позиция, начато создание передовой позиции между полуостровом Ганге и островом Даго. Продолжил установку минных заграждений в Ирбенском проливе, у Моонзунда и западных берегов Даго и Эзеля. Приступил к созданию противовоздушной обороны. 10 апреля 1916 года произведён в адмиралы Российского Флота «за отличие по службе». 6 сентября 1916 года Канин был заменён А. И. Непениным и назначен членом Государственного совета.
После Февральской революции в апреле-июне занимал пост 2-го помощника морского министра, в июне-декабре — члена Адмиралтейств-совета. 13 декабря 1917 года адмирал Канин В. А. уволен от службы.
Во время Гражданской войны с декабря 1918 года по март 1919 года командовал Черноморским флотом в составе ВСЮР. С 21 декабря 1918 года по апрель 1919 года участвовал в работе Крымского Правительства — Морской министр «Второго Крымского краевого правительства». В апреле 1919 года эмигрировал во Францию. Умер в Марселе. Похоронен на городском кладбище Сен-Пьер.