Университетам вернули автономию. Вводится выборность ректора, проректоров, деканов и профессоров. Полиция не имела права входить на территорию университета.
Были основаны новые университеты – «Новороссийский» в Одессе (1862–1865 гг.) и Томский (1888 г.). В Москве в 1861 г. открылась Петровская земледельческая академия, а в Петербурге в 1891 г. – Электротехнический институт. Было положено начало высшему женскому образованию: открылись 7 высших женских курсов. В Петербурге в 1878 г. основаны Бестужевские курсы профессора К. Н. Бестужева-Рюмина; в Москве в 1872 г. – курсы профессора В. И. Герье. Образование на женских курсах не уступало университетскому, но диплома о высшем образовании курсистки не получали. В 1897 г. в Петербурге открылся Женский медицинский институт.
Школьная реформа 1864 г.Автор реформы: министр просвещения А.В. Головнин. В 1862 г. открылись женские гимназии. Было разрешено открывать частные школы. В 1864 г. утверждены Положение о начальных народных училищах и Устав гимназий и прогимназий.
Начальное образование осуществляли школы трёх типов: государственные, церковно-приходские и земские. Срок обучения: 1–3 года. Преемственности между начальными школами и гимназиями не было.
Среднее образование: 4-классные прогимназии и 7-классные гимназии. Гимназии делились на классические с гуманитарным уклоном (преподаванием «классических» языков – латинского и греческого), и реальные с углублённым изучением естественных наук. В 1871 г. реальные гимназии были преобразованы в реальные училища.
Численность учебных заведений возросла с 8 тыс. в середине XIX века до 79 тыс. к концу века, а число учащихся, соответствено, с 23 тыс. до 3,8 млн. Грамотность выросла с 1–2 % до 22 %. Интеллигенция шла в земские школы в надежде помочь народу. Большое значение имела деятельность талантливого педагога К. Д. Ушинского.
Национальный вопрос в Российской империи стоял довольно остро.
Польское восстание 1863–1864 гг. В 1863 г. подпольный Центральный национальный комитет во главе с Я. Домбровским, 3. Сераковским и др. начал восстание в Польше и Литве под лозунгом возвращения независимости Речи По