Санджар, последний представитель ветви Великих Сельджуков, был одним из младших сыновей Малик-шаха I от наложницы-рабыни. Ранняя смерть Малик-шаха привела к длительной череде междоусобных войн. Санджар участвовал в войнах за наследство против своих трёх братьев и дяди, а именно следующих правителей: Махмуд I, Баркиярук, Малик-шах II и Мухаммад I.
С 1097 года Санджар стал правителем большей части Государства Сельджукидов, а его столица находилась в Нишапуре. Ряд правителей восстал против него, что привело к расколу Великой Сельджукской империи. В 1118 году, после смерти последнего из сводных братьев Санджара, владения Сельджуков были официально разделены.
Согласно Энно Франциусу, Санджар предпринял поход для уничтожения секты Аламутских асассинов. Однако по дороге к их укреплениям Санджар, однажды проснувшись, обнаружил рядом с собой кинжал, которым была приколота записка с предложением мира. Потрясённый, Санджар послал послов к Хасану ибн Саббаху, и они договорились не вмешиваться в дела друг друга.
В 1141 году Санджар отправился в поход против каракитаев и встретился с ними около Самарканда. Он потерпел тяжёлое поражение от Елюй Даши и бежал вместе с всего пятнадцатью своими всадниками.
Туркестанские огузы захватили Санджара в 1153 году и держали в плену до 1156 года, когда он смог бежать. В следующем году Санджар умер от дизентерии[1] и был похоронен в Мерве, где был возведён его мавзолей (разрушен монголами при вторжении в Хорезм).