Крупными реками, протекающими через Омскую область, являются Иртыш, его самый большой приток Тобол, Ишим, Омь, Тара и др. Помимо крупных рек и их притоков в области расположены многочисленные озера. В частности, среди небольших и неглубоких озер зоны степей самыми крупными являются озера Жалтыргуль (площадь зеркала 200 га) и Большой Атмас (площадь зеркала 43 га), которые расположены в Черлакском районе области. Эти водоемы имеют овальную форму, слабоизрезанную береговую линию и ровное дно, выстланное илами с остатками неперегнившей растительности. Основная масса озер лесостепной зоны сосредоточена на Иртышско-Ишимском междуречье, в частности, вокруг Тюкалинска расположена часть Среднего Прииртышья, называемая «озерным краем»: в этом районе находятся около 400 больших и малых озер, которые своей многочисленностью, разнообразием размеров и форм создают живописный ландшафт данной местности.