По настоянию Исидора и никейского митрополита Виссариона был подписан договор, согласно которому греческая православная церковь признавала главенство римско-католической церкви. С того времени русские митрополиты избирались и поставлялись (возводились в сан) в Москве, а Русская православная церковь фактически стала автокефальной, независимой от константинопольской патриархии.