В середине XVI в. в России складывается сословно-представительная монархия, что выразилось прежде всего в повышении статуса главы государства. Начиная с 1547 г. глава государства стал именоваться царем. Изменение титула преследовало следующие политические цели: укрепление власти монарха и ликвидацию основ для притязаний на престол со стороны бывших удельных князей так как титул царя передавался по наследству. В конце XVI в. сложился порядок избрания (утверждения) царя на Земском соборе. Царь как глава государства обладал большими полномочиями в административной, законодательной и судебной сферах. Но его власть не была абсолютной. В своей деятельности он опирался на Боярскую Думу и Земские соборы.
Боярская Дума формально сохранила свое прежнее положение. Это был постоянно действующий орган, наделенный законодательными полномочиями и решающий вместе с царем все важнейшие вопросы. В состав Боярской Думы входили бояре, бывшие удельные князья, окольничьи, думные дворяне, думные дьяки. Хотя социальный состав Думы и изменился в сторону увеличения представительства дворянства, она продолжала оставаться органом боярской аристократии.
Особое место в системе органов государственного управления занимали Земские соборы. Они созывались с середины XVI до середины XVII в. Их созыв объявлялся специальной Царской грамотой. Земские соборы включали в себя Боярскую Думу, Освященный собор (высший коллегиальный орган православной церкви) и выборных представителей от дворян и городского населения. Противоречия, которые существовали между ними, способствовали усилению власти царя. Земские соборы решали основные вопросы государственной жизни: избрание или утверждение царя, принятие законодательных актов, введение новых налогов, объявление войны, вопросы внешней и внутренней политики и т.д. Вопросы обсуждались по сословиям, но решения должны были приниматься всем составом Собора.
Система приказов как органов управления продолжала развиваться и к середине XVII в. их число достигло 90. Для работы приказов характерен жесткий бюрократический стиль: строгое подчинение (по вертикали) и следование инструкциям и предписаниям (по горизонтали). Возглавлял приказ начальник, назначаемый из числа бояр, окольничьих, думных дворян и дьяков. В зависимости от направления деятельности приказа начальниками могли быть: судья, казначей, печатник, дворецкий и т.д. Ведение делопроизводства возлагалось на дьяков. Техническую и канцелярскую работу осуществляли подьячие. Вопросами организации государственной службы и финансирования госаппарата занимались приказ Большого прихода, Разрядный, Поместный и Ямской приказы.