Первая запятая служит границей двух грамматических основ, – "гроза освещала" и "воздух был свеж и резок" – вторая соединяет два вроде как однородных определения слова "воздух" (промытый, пропущенный). Если они неоднородны, считайте, что это авторский знак. Но это к слову.
Двоеточие во втором предложении стоит потому, что последующие содержащей этот знак грамматической основе предложения не связаны с ней союзом; к тому же оно (двоеточие) как бы поясняет основу "стали слышаться привычные успокаивающие звуки" идущими далее основами, раскрывает её. Последняя запятая разделяет основу "скрипело дерево" с двумя последующими. А между ними ("журчала вода" и "гудок прорезался") запятая отсутствует по причине того, что они обе относятся к наречию "где-то" (можно вот так: где-то журчала вода и где-то гудок прорезался).