Основное направление эволюции органов выделения животных шло от протонефридиев к метанефридиям у беспозвоночных и от них — к видоизмененным метанефридиям у ланцетников, а татем к почкам позвоночных.У некоторых животных в процессе эволюции произошла смена органов выделения. Так, у моллюсков и многих членистоногих произошла смена эктодермальных органов выделения — протонефридиев и метанефридиев с воронками на почки мезодермального происхождения, возникающих из половых протоков. У ряда сухопутных членистоногих (паукообразных и насекомых) из кишечника сформировались выделительные трубочки — мальпигиевы сосуды.