Прежде всего нужно отметить событие, произошедшее до начала правления Юстиниана. Это Халкидонский Собор 451 года, на котором был принят догмат об установлении диофизитства и преследования монофизитсва.
Собственно, что это такое:
1. Диофизитство - принцип христианской церкви, согласно которому в Иисусе признаются две природы - как человеческая, так и божественная (если вспомнить Библию, это можно понять - Иисус был рожден смертной женщиной, но зачат Святым духом; это объясняет его двойственность)
2. Монофизитсво - другой принцип, который заключается в провозглашении Иисуса Богочеловеком, т.е. признании его единосущности.
Вам повезло, я немного разбираюсь в теологии, и потому постарался объяснить подробно, но понятно.
Теперь, собственно, религиозная ситуация при Юстиниане.
В начале правления Юстиниан решил продолжить политику своего дяди (предыдущего византийского императора Юстина) по угнетению монофезитов, чьё учение было объявлено ересью. Монофезиты подвергались различным притеснениям.
Это привело к восстанию 532 года (под названием "Ника"). Восстание было подавлено.
После восстания император решает пересмотреть своё отношение к религиозным вопросам, и пытается найти компромисс между диофизитами и монофизитами, добавляя также и другие ответвления христианской церкви. К концу жизни Юстиниан принимает учение автардокетов и пытается привить его к основным догматам христианства.