Родился в городе Медельин в небогатой дворянской семье. В 1499 г, отправился в Саламанку и стал студентом университета. Но беспокойный характер и честолюбие помешали юноше окончить обучение. Через два года, к большому неудовольствию родителей, он вернулся домой.
В 1504 г. Кортес покинул Испанию на корабле «Куинтеро». Последующие 15 лет он воевал на Антильских островах с туземцами. В 1511 г. вместе с видным испанским военачальником Д. Веласкесом участвовал в захвате острова Куба. Веласкес стал губернатором, а его любимец Кортес — секретарём.
В 1519 г., после двух разведывательных экспедиций на полуостров Юкатан в Центральной Америке, Веласкес организовал военный поход под командованием Кортеса. С 11 кораблей на побережье высадились вооружённые до зубов воины с конницей и артиллерией. Вначале были покорены прибрежные племена табасков, поселения Тласкалаа и Чолула (ныне Пуэбла). Затем, пользуясь поддержкой жителей Тласкаланы, Кортес вошёл в столицу империи ацтеков Теночтитлан (ныне Мехико) и взял в плен Монтесуму — вождя ацтеков. Однако вскоре на побережье высадился отряд испанцев под командованием П. Нарваэса, чтобы арестовать конкистадора, доставить его на Кубу и судить за измену. Веласкес, подстрекаемый своим окружением, усомнился в надёжности Кортеса. Последний оставил группу под командованием П. де Альварадо в Теночтитлане, а сам с частью солдат двинулся навстречу Нарваэсу. Нарваэс был взят в плен, а его отряд Кортесу удалось привлечь на свою сторону.
Тем временем в Теночтитлане вспыхнул мятеж, и гарнизон пал. Лишь летом 1521 г. Кортес вновь завладел столицей. В последующие годы он, будучи губернатором Мексики (1522—1528 гг.), завоёвывал отдалённые области для империи. Выступив против влиятельного Веласкеса, Кортес навлёк на себя гнев Карла V. Конкистадора публично обвинили в убийстве собственной жены и лишили административной власти. Однако в 1529 г. при личной встрече с королём Кортес добился монаршего расположения и получил титул маркиза и генерал-капитана Мексики.
В 1541 г. он принял участие в военном походе в Северную Африку. Там его постигла неудача. Кортес чуть не погиб во время кораблекрушения.
Умер 2 декабря 1547 г. в поместье Кастилья-де-ла-Куэста около Севильи