Жахливі санітарні умови, особливо в містах, сприяли поширенню хвороб і епідемій. У XVI — першій половині XVII ст. окремі райони Європи неодноразово вражала епідемія чуми. Під час спалаху чуми у 1629—1631 рр., що охопила майже все Середземномор'я, вмерло більше ніж половина міського населення. Німецькі землі чума спустошувала у 1624—1630, 1634—1639 рр. і наприкінці Тридцятилітньої війни. Втрати населення в цих країнах становили 60—75%. Значними були людські втрати також від епідемій віспи, холери, тифу.
Населення Європи гинуло не лише від епідемій, а й від голоду в неврожайні роки, пожеж, воєнних спустошень. Особливо відчутними були втрати від війн, пов'язані з початком використання вогнепальної зброї та масовим убивством мирного населення, що стало звичною практикою ведення воєнних дій. Під час повстання у Нідерландах проти іспанського панування герцог Альба, який очолював каральну експедицію, сповіщав короля Філіппа VI: “Якщо я захоплю Алькмаар, то жодна істота не залишиться живою. Кожну горлянку буде перерізано ножем”. Величезними були втрати під час громадянських війн у Франції та першої загальноєвропейської Тридцятилітньої війни. За приблизними підрахунками, лише в XVII ст. Європа втратила у війнах 3 млн осіб.