При морфемном разборе слова так и хочется указать на приставку про- и корень зрач-, связывая его со словом зрачок.
И совсем не напрасно!
Прилагательное прозрачный , заимствованное из старославянского языка, образовано с помощью приставки про-
от существовавшего ранее прилагательного зрачный (видимый), которое, в свою очередь, является производным
от слова зракъ (вид) (как и "зрачок").
Можно считать, таким образом, прилагательное прозрачный этимологически проверяемым словом.
Любознательные, интересующиеся происхождением слов, обратятся к этимологическим словарям русского языка.
И это им поможет правильно писать слово. Такой способ проверки тоже имеет право на существование.
Ну а остальным следует обращаться к орфографическим словарям и запоминать, запоминать... как стихи,
например, известную строчку из пушкинского стихотворения "Прозрачный лес один чернеет, и ель сквозь иней зеленеет..."
У кого хорошая зрительная память, тот запомнит написание этого прилагательного при первой встрече с прекрасными стихами.