Я растирал в ладонях венчик чабреца, и мне чудилось, что пахнут чабрецом не степи, а наглаженные прибоем пески.
Предложение сложное, с разными видами связи (сочинительной и подчинительной). Состоит из двух формально выраженных частей: простого предложения "Я растирал в ладонях венчик чабреца" и сложноподчиненного "мне чудилось, что пахнут чабрецом не степи, а наглаженные прибоем пески". Части соединены между собой сочинительным союзом и со значением перечисления одновременно происходящих событий.
Следовательно, первая запятая перед союзом "и" разделяет две основные части сложного предложения, которые описаны выше.
Вторая запятая перед союзом "что" обособляет придаточную часть сложноподчиненного предложения "мне чудилось, что пахнут чабрецом не степи, а наглаженные прибоем пески".
Третья запятая перед союзом "а" со значением противопоставления (вернее, в конструкции не...а) разделяет однородные подлежащие "степи", "пески".