Cамое первое письменное упоминание о местности "Святые Горы" относится к 1526 году. Встречается оно в записках германского посла Сигизмунда Герберштейна, который писал о том, что русские воины сообщили ему о наличии возле места Великий Перевоз, у Святых Гор, каких-то мраморных и каменных статуй и изваяний. Несомненно, что святость живших здесь еще до XVI века иноков и подвижников стяжала и соответствующее название самому этому месту - Святые Горы.
По древнему преданию "Святое место", находящееся недалеко от Святогорского монастыря, закрытое с трех сторон неприступными отвесными горами и густым лесом, было также крепостью. Еще в XIX веке там были видны следы батареи, а в Святогорском Синодике 1710 года упоминается монах-пушкарь Иаков.
Свидетельством того смутного и кровопролитного времени, когда обитель подвергалась частым татарским разграблениям, до сих пор являются грамоты Святогорских настоятелей, которые всегда в трудные для монастыря минуты обращались за помощью к русским государям.
Из жалованной в 1620 году грамоты известно, что Государь Михаил Федорович "пожаловал Святогорского монастыря, что на Северском Донце, игумена Ефрема с братиею, двенадцать старцев, велел им давать своего Государева жалованья годовыя руги по 12 четвертей ржи, по 12 четвертей овса, по 10 рублей денег".
Одна из Святогорских челобитных XVII века говорит о разорении монастыря в 1628 году: "Государское жалование, церковное строение, ризы и стихари, и книги, и сосуды церковные, и то у них все церковное строение поймали татарове, как приходили ко Святым Горам". Один из немногих избежавших татарского плена старец Александр просил Великого князя Михаила Федоровича выделить для разоренной обители различной церковной утвари и богослужебных книг.