Среда обитания простейших чрезвычайно разнообразна. Многие из них живут в морях. Некоторые входят в состав планктона — организмов, обитающих в толще воды на различных глубинах. Многочисленные виды жгутиковых и инфузорий — компоненты морского бентоса — придонных обитателей. Много видов простейших образуют и пресно-водный планктон, а также являются компонентами бентоса пресных водоемов. Некоторые виды одноклеточных, живущие в почве, участвуют в почвообразовании; широкое распространение среди всех классов простейших получил паразитизм. Многие виды вызывают тяжелые заболевания у человека и животных; некоторые простейшие паразитируют на растениях.