Сократительная вакуоль несёт выделительную функцию. Состоит из маленьких приводящих вакуолей, которые время от времени изливаются в центральную вакуоль, а та в свою очередь в сообщающийся с глоткой резервуар.
Вокруг капелек воды, содержащих пищевые частицы, формируются пищеварительные вакуоли, где пищевые частицы перевариваются.
Эти механизмы являются общими для всех трех видов, но эвглена образует пищеварительные вакуоли только в темноте, где не может проводить реакции фотосинтеза.