Сходство - оба научные методы, проводятся в лаборатории, делаются какие либо выводы.
Различия (самые главные):
Эксперимент - заранее не знаем о результатах, любой результат будет положительным.
Моделировать - результат ожидаем и предсказуем, существенное отклонение от предпологаемого результата является неудачей.