Есть 3 способа.
1. Перегонка. Воду надо испарить, пар сконденсировать, воду собрать. В промышленных установках используют "перегонный куб" или дистиллятор, по принципу это действително аналог самогонного аппарата, хотя гораздо проще (нет необходимости разделять ЖИДКОСТИ). Аварийные лодки комплектуются иногда такими надувными чёрно-белыми мячиками, где процесс идёт под действием солнечного тепла (кстати придумал эту конструкцию Кусто).
Способ очень простой, но в промышленных масштабах относительно дорогой, поскольку на испарение тратится много энергии
2. Ионообменная смола. Можно пропустить солёную воду через ионообменную колонку Способ мягкий, но невероятно дорогой, поскольку ионообменная смола - штука дорогая, а реанимировать использованную колонку можно, только промыв её большим количеством не просто пресной воды, а бидистиллята :-)
3. Молекулярные сита. Вода пропускается под давлением (нужно преодолеть осмотическое давление) через плёнку, которая имеет столь маленькие поры, что через них пролазят молекулы воды, но не пролазят ионы солей. Способ самый перспективный, хотя пока такие сита очень дороги и тоже не вечны...