Знаю, что в старину "запятками" называли место позади экипажей, где сидели или стояли слуги.
От слова "запятать" - означает задерживать, останавливать. Поэтому и знак препинания.
Само слово "запятая" встречается в XV веке.
По мнению П. Я. Черных, слово произошло от запяти (ся) — „зацепить (ся) “, „задеть“, „заколоться“. Даль связывает это слово с глаголами запясть, запять, запинать — „останавливать“, „задерживать“.