К началу царствования Александра I он был уже статским советником, а в июне 1801 года — действительным статским советником.
После коронации Александра, Сперанский составил императору часть проектов переустройства государства; кроме того, он управлял экспедицией гражданских и духовных дел в канцелярии «Негласного комитета» . 12 марта 1801 года вступил на престол император Александр I, и через неделю, 19 марта Сперанский получил новое назначение. Ему повелевали состоять статс-секретарем при Д. П. Трощинском, который, в свою очередь, исполнял работу государственного секретаря при Александре I. Способности помощника Д. П. Трощинского привлекли к себе внимание членов «Негласного комитета» . Летом 1801 г. В. П. Кочубей взял Сперанского в свою «команду» . В это время в «Негласном комитете» шла работа по разработке министерской реформы. Указом от 8 сентября 1802 г. в России учреждались восемь министерств. Министры имели право личного доклада императору. В. П. Кочубей возглавил Министерство внутренних дел. Он по достоинству оценил способности Сперанского и уговорил Александра I, чтобы тот позволил Михаилу Михайловичу работать под его руководством, статс-секретарём. Таким образом, Михаил Михайлович оказался в кругу лиц, которые во многом определяли политику государства.
В 1802—1804 годах Сперанский подготовил несколько собственных политических записок: «О коренных законах государства» , «О постепенности усовершения общественного» , «О силе общественного мнения» , «Ещё нечто о свободе и рабстве» , «Записку об устройстве судебных и правительственных учреждений в России» . В этих документах он впервые изложил свои взгляды на состояние государственного аппарата России и обосновал необходимость реформ в стране.
В июне 1802 г, в возрасте тридцати лет, Сперанский возглавил в Министерстве внутренних дел отдел, которому предписывалось готовить проекты государственных преобразований.
20 февраля 1803 г. при непосредственном участии Сперанского (концепция, текст) был опубликован знаменитый указ «о свободных (вольных) хлебопашцах» . Согласно этому указу помещики получили право отпускать крепостных на «волю» , наделяя их землей.
Так в 1803 году Александр I поручил ему составить «Записку об устройстве судебных и правительственных учреждений в России» . При ее разработке Сперанский проявил себя активным сторонником конституционной монархии, однако практического значения записка не имела.
В 1806 году произошло личное знакомство Сперанского с Александром I. 18 ноября 1806 г. Сперанский получает Орден Святого Владимира 3-й степени.
Осенью 1807 года ему поручают сопровождать Александра I в Витебск на военный осмотр, а год спустя, — в Эрфурт на встречу с Наполеоном.
В январе 1810 года, с учреждением Государственного совета, Сперанский стал государственным секретарём, самым влиятельным сановником России, вторым после императора лицом в государстве.