Третье. Правильно либо "Скоро я заметил, что мы не столько плывём вдоль берега, сколько удаляемся от него", либо "Скоро я заметил, что мы плывём не столько вдоль берега, сколько от него". Словосочетание не столько ... сколько должно разграничивать однородные члены именно так (первый вариант даже лучше). А в первом предложении всё в порядке