Папа Иннокентий III, объявивший крестовый поход в Ливонию, призвал купцов оказывать епископу Альберту всяческую поддержку. В 1201 г. епископ Альберт избрал поселение Рига на берегу Даугавы в качестве своего местопребывания и стал строить там крепость и город и именоваться Рижским епископом.
Через два года он послал в Рим монаха-цистерцианца Теодориха получить согласие папы на образование духовно-рыцарского ордена, его организацию епископ начал еще в 1202 г. Орден создавался постепенно, поскольку первые упоминания о рыцарях свидетельствуют, что они — «верные миряне, которые в одеянии тамплиеров храбро и могущественно сопротивляются варварам» . Учреждая Орден, епископ намеревался создать военную силу, способную охранить и защитить новую Церковь. Члены Ордена воинства Христова (fratres militiae Christi) давали, кроме обычных монашеских обетов, еще и обет борьбы с язычниками (неверными) . Папа, утвердив Орден, подчинил его епископу и дал ему устав тамплиеров. Он призвал всех оказывать новому Ордену посильную помощь. Члены Ордена делились на три класса: братьев рыцарей (fratres servientes), братьев священников (servi fratrum militiae) и братьев служащих (famuli). Во главе стоял магистр Ордена, ему подчинялись и некоторые второстепенные должностные лица. Отличительным знаком рыцарей было изображение на левом плече белого плаща, красных креста и меча. Отсюда и пошло их название — меченосцы.
Первый магистр носил имя Венно или Винно и пребывал в Риге. При рижском соборе в честь Пресвятой Девы епископ учредил капитул (совет каноников) . Во главе его стоял пробст. После смерти первого пробста Энгельберта (1209), брата епископа Альберта, из Вестфалии был приглашен монах Ордена премонстрантов Иоанн. В капитуле был введен устав премонстрантов. Орден меченосцев стал мощным и жестоким орудием феодалов и католической Церкви при захвате Восточной Прибалтики в начале XIII в. По названию местных жителей — ливов, вся завоеванная территория стала именоваться Ливонией. Это наименование распространилось также на латышскую и эстонскую земли, и как общее их название удерживалось до начала XVI в.
Набеги войск Ордена и епископов на земли эстов отличались неимоверной жестокостью и были направлены на опустошение и порабощение края, что подтверждено многими историческими документами. Этого не может скрыть даже «Хроника Ливонии» . Вот как Генрих Латвийский описывал один из набегов в северную часть Эстонии в 1215 г. : «И залили кровью язычников все дороги и места, и преследовали их по всем областям морского края, называемым Ротелевик и Роталия.. . И все войско и в первый, и во второй, и в третий день преследовало бегущих эстов повсюду и убивало направо и налево, пока не обессилели от усталости и люди, и кони. Тогда, наконец, на четвертый день собрались все в одном месте со всем награбленным, а оттуда, гоня с собой коней и массу скота, ведя женщин, детей и девушек, с большой добычей радостно возвратились в Ливонию»
Рыцарь Ордена меченосцев в Лифляндии. Ксилография. XVI в.