Эпифиз расположен между полушариями головного мозга. Его размеры у взрослых составляют от 25 до 430 мг. Масса органа зависит от пола, возраста, состояния здоровья и климатических условий проживания человека.
Эпифиз окружен капсулой из соединительной ткани, которая пронизывает ткань железы. Кровоснабжение шишковидного тела отличается высокой интенсивностью. Наибольшее количество сосудов активно функционирует в ночные часы.
Работа эпифиза в норме подчиняется четко выраженному суточному ритму. При наступлении темноты орган включается в активную деятельность. Максимум выделения гормонов шишковидной железой приходится на время после полуночи. С рассветом функциональная активность резко снижается.