Аугсбургское соглашение установило гарантии свободы вероисповедания для имперских сословий (курфюрстов, светских и духовных князей, свободных городов и имперских рыцарей). Каждый субъект империи мог свободно перейти из католичества в лютеранство или обратно. Принадлежность к тому или иному вероисповеданию не могла служить причиной ограничения данного субъекта в правах. В свободных имперских городах был введён принцип равных прав представителей обеих конфессий на отправление религиозных культов. Свободу вероисповедания получили также имперские рыцари, находившиеся в непосредственной вассальной зависимости от императора. Однако, несмотря на требования лютеран, Аугсбургский мир не предоставил право выбора религии подданным имперских князей и рыцарей. Подразумевалось, что каждый правитель сам определяет вероисповедание в своих владениях. Позднее это положение трансформировалось в принцип cujus regio, eius religio — лат. чья страна, того и вера[2]. Уступкой католиков в отношении конфессии подданных стала фиксация в тексте соглашения права на эмиграцию для жителей княжеств, не пожелавших принять религию своего правителя, причём им гарантировалась неприкосновенность личности и имущества.
Католической партии удалось внести в текст Аугсбургского мира так называемую «духовную оговорку» (лат. Reservatum Ecclesiasticum), в соответствии с которой в случае перехода духовного князя (епископа или аббата) в лютеранство он подлежал отрешению от власти, а на его место избирался католик. Таким образом гарантировалось сохранение за католиками всех духовных владений, существовавших на 1552 год. Церковные земли, секуляризированные ранее, оставались под властью лютеранских правителей.