В четвертичное время низменность неоднократно заливалась морем, которое в северной части оставило глинистые и суглинистые, а в южной — песчаные отложения. Поверхность Прикаспийской низменности характеризуется микро- и мезоформами в виде западин, лиманов, кос, ложбин, на юге — эоловыми формами, а по побережью Каспийского моря — полосой Бэровских бугров.