На северных склонах Тянь-Шаня среднегодовое количество осадков колеблется от 120 до 300 мм в год.
Жетысуский Алатау расположен вдали от Мирового океана. На его климат влияет холодный воздух Арктики, жаркий воздух Туранской низменности, а также сибирский антициклон. Наиболее засушливый климат у подножия гор, с высотой температура воздуха понижается, а количество осадков увеличивается.
Среднегодовое количество осадков 600-800 мм, на юго-востоке - 400 мм. Зимой выпадает много снега, а вершины гор покрыты ледниками.