Простейшие питаются бактериями тем самым очищают водоём от загрязнений. В этом большую роль играют имфузории. Также простейшие быстро размножаются и служат едой для мальков и мелких рыб.
Эвглены не только очищают водоемы и служат пищей для других животных, но и, осуществляя фотосинтез, уменьшают количество углекислого газа и увеличивают содержание кислорода в воде. По количеству инфузорий и эвглен можно определять степень загрязненности воды. Большое количество эвглен говорит о том, что вода загрязнена органическими веществами. Амеба обыкновенная живет там, где мало органических веществ.
Раковины простейших (морские фораминиферы) участвуют в образовании мела и известняка.