Развязав себе руки в Саксонии и Италии, Карл повернул против Баварского герцога Тассилона, старого союзника лангобардов. На самом деле никакой баварской войны не было. Карл, поскольку ему было известно от папы о заговоре Тассилона, подчинил Баварию с помощью дипломатических переговоров (подкрепленных некоторым военными действиями), в ходе которых для Тассилона сложилась безвыходная ситуация, которая заставила его подчиниться. 787 года Карл окружил Баварию с трех сторон войсками и от Тассилона восстановить вассальные обязательства, данные им когда Пипин. Тассилон вынужден был явиться в франкского короля и дать ему повторную клятву верности. Герцогство было торжественно передано Карлу, который уступил им как бенефициями Тассилона, а вся Баварская аристократия дала клятву верности королю Но Тассилона, которого жена Луитберга и дочь Дезидерия постоянно подводила к измене, вступив в союз с аварами Паннонии, что грозило нарушить равновесие на западе.