Родился 31 января 1797 г. в Лихтентале близ Вены в семье школьного учителя. Отец и старшие братья обучили Франца игре на скрипке и фортепиано.
Благодаря красивому голосу с 1808 по 1812 г. он был певчим Венской придворной капеллы, одновременно обучаясь в конвикте (хоровое училище-интернат). Здесь наставником Шуберта по композиции был до 1816 г. А. Сальери.
С 1814 г. Шуберт учительствовал в школе отца, правда, не чувствуя особой склонности к этому. В 1818 г. он оставил преподавание и всецело занялся творчеством. Уже за время своей недолгой работы в школе Шуберт создал около 250 песен, среди которых шедевр мировой вокальной лирики «Лесной царь» (1814 г.; на стихи И. В. Гёте).
Вокруг композитора объединились единомышленники, поклонники и пропагандисты его творчества. Именно благодаря их усилиям к Шуберту пришли слава и признание. Сам же он отличался жизненной непрактичностью.
Основой творчества Шуберта стала песня. Всего им написано более 600 произведений этого жанра. Среди них вокальный цикл «Прекрасная мельничиха» (1823 г.; на стихи В. Мюллера) -— простая и трогательная история любви скромного подмастерья и дочери хозяина мельницы. Это один из первых вокальных циклов в истории музыки.
В 1823 г. Шуберт стал почётным членом Штирийского и Линцкого музыкальных союзов. В 1827 г. им был написан ещё один вокальный цикл на стихи Мюллера — «Зимний путь». Уже посмертно, в 1829 г., вышел последний вокальный сборник композитора — «Лебединая песня».
Кроме вокальных сочинений Шуберт много писал для фортепиано: 23 сонаты (из них 6 незавершённых), фантазия «Скиталец» (1822 г.), «Экспромты», «Музыкальные моменты» и др. В период с 1814 по 1828 г. написаны 7 месс и «Немецкий реквием» (1818 г.) — основные сочинения Шуберта для солистов, хора и оркестра.
Для камерного ансамбля композитор создал 16 струнных квартетов, 2 струнных и 2 фортепианных трио и др. Он писал также оперы («Альфонсо и Эстрелла», 1822 г.; «Фьера-брас», 1823 г.).
Умер 19 ноября 1828 г. в Вене.