Большинство бактерий питается готовыми органическими веществами. По способу питания бактерии, питающиеся готовыми органическими веществами, делят на две группы: сапротрофы (от греческого сапрос — «гнилой» и трофе — «питание», «пища»), получающие органические вещества из отмерших организмов или выделений живых организмов, и паразиты (от греческого паразитос — «нахлебник»), питающиеся органическими веществами живых организмов. Паразитизм у бактерий распространён очень широко. Существуют бактерии, паразитирующие в теле бактерий других видов. Среди бактерий-паразитов много болезнетворных, вызывающих различные заболевания у растений, животных и человека. У бактерий существуют разные способы питания. Среди них есть автотрофы и гетеротрофы. Некоторые бактерии способны создавать органические вещества из неорганических. Такие организмы называют автотрофами.Автотрофы (от греч. аутос — «сам» и трофе — «пища») — организмы, способные самостоятельно образовывать органические вещества для своего питания.Одни из них, например, цианобактерии (от греч, цианос — «синий») в отличие от других бактерий содержат в своих клетках хлорофилл и способны создавать органические вещества из неорганических, используя световую энергию (в их клетках происходит процесс фотосинтеза).Цианобактерии сыграли важную роль в накоплении кислорода в атмосфере Земли.
Другие, например, железобактерии, серобактерии получают энергию от превращения одних неорганических веществ в другие.Гетеротрофы (от греч. гетерос — «другой» и трофе — «пища») — организмы, использующие для своего питания готовые органические вещества.Гетеротрофные бактерии подразделяются на сапрофитов, симбионтов и паразитов. Бактерии-сапрофиты (или сапротрофы) (от греч. сапрос — «гнилой», трофе — «пища») извлекают питательные вещества из мёртвого и разлагающегося органического материала. Обычно они выделяют в этот гниющий материал свои пищеварительные ферменты, а затем всасывают и усваивают растворённые продукты. Бактерии-симбионты (от греч. симбионтос — «сожительствующий») живут совместно с другими организмами и часто приносят им ощутимую пользу.Например, особые бактерии, живущие в утолщениях корней (в клубеньках) бобовых растений, из атмосферного воздуха усваивают азот, служащий растению удобрением. Некоторые бактерии, живущие внутри кишечника животных, в том числе и человека, потребляя и перерабатывая их пищу, поставляют им витамины группы B и K. Бактерии-паразиты (от греч. паразитос — «нахлебник») живут внутри другого организма (его называют хозяином) или на нём, укрываются и питаются его тканями.
Как правило, паразиты наносят вред своему хозяину. Они вызывают различные заболевания — бактериозы. Такие паразиты называются патогенными (от греч. патос — «страдание»). Обычно бактерии не могут разрушить покровы растения, поэтому они проникают в растение через ранки или естественные отверстия (устьица, чечевички и др.).Многие бактерии, заражая семена, луковицы, клубни, корневища, передаются от растения к растению при вегетативном размножении или при прорастании семян.Даже капли дождя или брызги воды при поливах могут распространять бактерии — возбудителей болезней растений. Нередко в распространении болезнетворных бактерий участвуют другие организмы — переносчики (насекомые, клещи, моллюски, птицы и др.).Многие бактерии-паразиты, попадая в организм человека, также вызывают заболевания, например, дизентерию, туберкулёз, ангину, холеру, чуму