1. Was Pr.Wallace in Indonesia? Who was in Indonesia?
2. Is the weather fine in Barnayl? What is the weather like in Barnayl?
3. Are there any animals in the zoo? How many animals are there in the zoo?
4. Was there a rare orchid in the rain forest? Who was there?
В общем вопросе подлежащее и сказуемое меняются местами - так он образуется, а специальные вопросы начинаются с вопросительного слова, поэтому первый вопрос общий, второй специальный. В первом и четвертом предложении специальный вопрос - это вопрос к подлежащему, потому сохраняется прямой порядок слов.