9 листопада 1799 першим консулом став Наполеон Бонапарт. Весною 1800 він зробив ряд кампаній проти Південної Німеччини, Австрії і Італії. Захопивши лівобережжя Рейну, Наполеон компенсував німецьким князям збиток, надавши їм території крихітних держав за Рейном.
Був підписаний конкордат з папою Пієм VII (1801), що визначив положення недавно відновленої церкви у Франції. Потім послідувало укладення Амьенського мирного договору з Англією (1802), який передбачав заспокоєння Європи. У Франції Бонапарт переглянув конституцію, реорганізував Інститут Франції (Французьку Академію і чотири другорядні академії), заснував Орден Почесного Легіону і 1804 втравні проголосив себе імператором Франції.
Наполеон продовжив переділ Німеччини і Італії, розпустив Священну Римську імперію, а потім наголову розбив прусську армію в двох битвах – під Йеной і Ауерштедтом. Вслід за цим тріумфом він окуповував Берлін (1806), де підписав знаменитий декрет про Континентальну блокаду, метою якого було скорочення торгівлі з Англією і доведення її до стану банкрутства.
Проводячи політику блокади, Наполеон пішов на прямі переговори з царем Олександром І і підписав з ними в 1807 Тільзітській мир. Проте на іншому кінці Європи в Іспанії несподівано спалахнула повномасштабна війна. Австрійський ерцгерцог Карл спробував організувати «національний німецький опір» французам, але Наполеон розгромив австрійські війська в битві при Ваграме (1809) і в результаті укладення Шенбруннського мирного договору у Відні досяг зеніту своєї слави. Він став одноосібним правителем Франції, межі якої тепер проходили за Рейном, уздовж побережжя Північного моря і по іншу сторону Альп (в Тоскані і Далмациі).
Йому беззастережно підкорялася вся Європа на захід від Росії і на схід від Португалії. На початку 1812 Наполеон, підготувався до масованого нападу на Росію. Спочатку вторгнення протікало майже безперешкодно, і після Бородінськой битви в середині вересня була захоплена Москва. Так і не зумівши вирішити, що ж робити з Росією. Наполеон віддав наказ про відступ. Під ударами росіян партизан відступ перетворився на втечу, а сувора зима усугубляла тяжке положення французької армії.
Під час воєнної кампанії 1813-1814 армія Наполеона завдала кілька поразок військам Шостої антинаполеонівської коаліції (Австрія, Англія, Пруссія, Росія, Швеція), однак у вирішальній Лейпцизькій битві (яку також називають «битвою народів»)19 жовтня 1813наполеонівські війська були розбиті. Це була найтяжча поразка в його житті. Він втратив 30 тис. солдатів, і відступ на захід відбувався так само безладно, як і втеча з Росії. На іншому березі Рейну Наполеон перегрупував свої сили і відчайдушно бився на шляху до Парижа. Не зумівши захистити столицю, після вступу союзницьких військ у квітні 1814 у Париж, Наполеон 6 квітня зрікся престолу у палаці Фонтебло. За рішенням союзних монархів він зберіг свій титул і отримав у володіння невеликий острів Ельба в Середземному морі. 20 квітня 1814 Наполеон покинув Фонтенбло і відправився на заслання.