Сергей Прокофьев родился в селе Сонцовка Бахмутского уезда Екатеринославской губернии (ныне село Покровского района Донецкой области Украины)[26][2]. Вопреки указываемой многими источниками дате рождения 11 апреля, в копии метрического свидетельства записано 15 [27] апреля 1891года[27][28]. Сергей Святославович Прокофьев, внук композитора, ставящий под своими публикациями имя Сергей Прокофьев младший, настаивал на том, что «Прокофьев родился не 27 апреля»[29]. Композитор неоднократно указывал в «Дневнике», что родился 23 апреля: «Вчера [23 апреля] был день моего рождения (27 лет)»[30]. «<…> вчера [23 апреля] мне минуло двадцать девять лет <…>»[31]. «Я вспомнил, что сегодня [23 апреля] мне стукнуло тридцать три года („Что это за шум раздался в соседней комнате? Это мне стукнуло тридцать три года“)»[32]. Несмотря на то, что сам Прокофьев называл место своего рождения на малороссийский манер — «Сонцевка», биограф композитора И. Г. Вишневецкий цитировал документы начала 1900-х годов с использованием названия деревни «Солнцевка»[33].
Отец, Сергей Алексеевич Прокофьев (1846—1910), происходил из купеческой семьи, учился в Москве в Петровской сельскохозяйственной академии (1867—1871)[34]. Мать, Мария Григорьевна (урождённая Житкова, 1855—1924), родилась в Петербурге и закончила гимназию с золотой медалью. Её отец был крепостным Шереметевых, в середине XIX века переехал в Петербург, женился на горожанке шведского происхождения[35]. Отец управлял имением своего бывшего однокурсника по академии Д. Д. Сонцова[33].
Любовь к музыке привила мать, часто музицировавшая и исполнявшая преимущественно произведения Бетховена и Шопена. Сергей сперва слушал, а затем стал подсаживаться рядом за инструмент и стучал по клавишам. Мария Григорьевна была хорошей пианисткой и стала первой музыкальной наставницей будущего композитора[2]. Музыкальные способности Сергея проявились в раннем детстве, когда он в пять с половиной лет сочинил первую крохотную пьесу для фортепиано «Индийский галоп». Это сочинение было нотировано Марией Григорьевной, последующие пьесы (рондо, вальсы, и так называемые вундеркиндом «песенки») Серёжа научился записывать самостоятельно[36]. Позже отец начал давать сыну уроки математики, а мать обучала его французскому и немецкому языкам.
В январе 1900 года в Москве Сергей Прокофьев впервые слушал оперы «Фауст» и «Князь Игорь» и был на балете «Спящая красавица», под впечатлением от которых задумал собственное подобное произведение. В июне 1900 года была сочинена опера «Великан»[37]. 1901 год ушёл на сочинение второй оперы «На пустынных островах», но был завершён только первый акт[38]. Возможности Марии Григорьевны по дальнейшему музыкальному воспитанию сына исчерпались.
В январе 1902 года в Москве Сергей Прокофьев был представлен С. И. Танееву, которому играл отрывки из оперы «Великан» и увертюру к «Пустынным берегам»[38]. Композитор был впечатлён способностями юного музыканта и просил Р. М. Глиэра заниматься с ним теорией композиции[2]. Летом 1902 и 1903 годов Глиэр приезжал в Сонцевку давать уроки Прокофьеву.
Свои детские годы до поступления в консерваторию композитор подробно описал в «Автобиографии» в части первой «Детство»[39].