В основу формирования системы,противодействующей терроризму,был положен переход от преимущественно силового подавления очагов терроризма (борьбы с терроризмом) к комплексной работе в этой сфере (противодействию терроризму). Новая система включила в себя меры по выявлению, предупреждению, пресечению, раскрытию и расследованию террористических актов, а также деятельность по профилактике терроризма, минимизации и ликвидации последствий его проявлений.
Десятого марта 2006 года в качестве основной организационной координирующей структуры для этой работы был образован Национальный антитеррористический комитет (НАК). Для организации межведомственного взаимодействия по пресечению террористических актов и управления контртеррористическими операциями в его составе был создан Федеральный оперативный штаб (ФОШ).