Корневая система черноплодной рябины состоит из вертикальных и горизонтальных корней. Вертикальные корни могут уходить на глубину до 1,5—2 м, а горизонтальные чаще располагаются на глубине от 20 до 50 см. Корневая система мощная, мочковатая и сильно ветвящаяся.
Лист черноплодной рябины простой (цельный), эллиптический или обратно-яйцевидной формы, состоит из пластинки, черешка и прилистников.
Почки закладываются в год, предшествующий росту или плодоношению. Они разнообразны по характеру расположения и по морфологическим признакам. По месту их заложения различаются: верхушечные (терминальные), которые образуются на вершине побега, пазушные или боковые, развивающиеся в пазухе листа, и придаточные или адвентивные, возникающие на корнях. Верхушечные почки дают рост побегов в длину, а боковые — ветвления их. У рябины так же, как и у других плодовых пород, почки делятся на ростовые (вегетативные) и генеративные (цветковые).
Генеративные почки у черноплодной рябины смешанные. Они в процессе развития образуют не только соцветия, но и побеги роста или как их называют побеги замещения.
Соцветие у черноплодной рябины — щиток, в котором образуются до 28 цветков. Плоды из верхушечных почек более крупные, чем из боковых. Средняя масса одного плода от 1 до 1,5 г. Почти все цветы образуют плоды.
Плоды черные, блестящие, покрыты восковым налетом, округлые, иногда несколько вытянутые. Завязь пятигнездная.
Мякоть сочная, немного терпкая, сок пурпурово-красный. В одном плоде содер жится от четырех до восьми семян, они мелкие, удлиненные, светло-коричневые. Черноплодная рябина завязывает плоды и образует семена от самоопыления, ее считают самоопыляющимся растением. Плоды рябины в наших условиях созревают в начале августа. Листопад начинается с изменением окраски листьев, зеленые листья становятся багряно-красными и опадают.