Зарождение и формирование первых городов-поселений в Древнем Египте происходило на рубеже палеолита (в долине Нила до 5-го тыс. до н. э., когда процветали такие формы хозяйствования как охота, рыболовство, собирательство) и неолита (в долине Нила с 5-го по 3-е тыс. до н. э., когда стали постепенно развиваться земледелие и скотоводство).
Древнее население Египта переходя к оседлому образу жизни постепенно формировало сельскохозяйственные общины, которым были необходимы центры складирования и перераспределения продуктов земледелия, а также места укрытия от внешней опасности. Возникновение таких центров и стало прототипами будущих городов. Культуры сельскохозяйственных общин в этот период представлены в Нижнем Египте — Фаюм А, Меримде, Эль-Омари, Маади-Буто и в Верхнем Египте — Тасийской, Бадарийской, Амратской (Накада I), Герцейской (Накада II) и Семайнийской (Накада III) культурами.
В этих укреплённых поселениях, где укрывались на ночь работавшие днём в полях крестьяне, а также занимавшиеся скотоводством и охотой общинники, начинали развиваться такие классы в обществе, как торговцы, ремесленники и чиновники, а также здесь находились представители власти, которые оказывались всё более привязаны к этому «городу-месту» (егип. is-t — один из древнеегипетских терминов означавших место, где находилась власть).