1. Использовать ковычки другого типа при форматировании строки:
print('Сегодня на завтрак "%s" ' % input()) # тут я использовал одинарные вместо двойных
2. Использовать обратный слэш (escape character) перед ковычками внутри ковычек, чтобы они распознавались парсером как часть строки:
print("Сегодня на завтрак \"%s\"" % input())