В начале романа Базаров утверждает свежие, оригинальные идеи: разрушить до основания мир, который бесполезно перестраивать, отказаться не только от устаревших социальных форм, но и всего, что их питало и поддерживало: от романтических представлений о любви, от искусства, бессмысленного преклонения перед природой, от семейных ценностей. Всему этому противопоставляется естествознание. Но позже в душе главного героя нарастают непримиримые противоречия. Людей, равных по масштабу личности, рядом с ним не оказывается.
Больше и сильнее всего поражали окружающих, даже покоренного Базаровым Аркадия, его суждения о любви. Здесь для него тоже тайны нет — физиология. Именно в любви должны были, по замыслу автора, проявиться скрытые задатки и противоречия созданного характера. Возникающее чувство Базарова к Одинцовой испугало: «Вот тебе раз! Бабы испугался!» Он вдруг почувствовал, что душа, а не физиология заговорила в нем, заставила волноваться, страдать. Герой постепенно осознает, как много в мире загадок, ответов на которые он не знает.
Постепенно развенчивается и показной демократизм Базарова. Он оказывается ничуть не ближе для мужиков, народа, с которым «умел разговаривать», чем аристократы. Мужики ведь для него, как выясняется, были всего лишь средством для осуществления социальных проектов. С горечью признается честный Базаров, что в сущности безразличен к судьбам крестьян перед лицом открывшихся для него через метания и страдания вопросов вечных и грозных, о жизни и смерти. Борьба Базарова все больше становится борьбой с собственной растущей и развивающейся душой, существование которой он так решительно отвергал.
В финале романа герой остается абсолютно одиноким. Для него очевидно, что все его прежние воззрения оказались перед лицом жизни несостоятельными, проекты и надежды потерпели крах. Для писателя важно было найти штрих, финал судьбы, который продемонстрировал бы значительный человеческий потенциал героя, закрепив его право называться трагическим. Базаров потерпел немало поражений в жизни, но он выиграл схватку со смертью, не сломался и не отчаялся, видя ее неизбежность. Более того, лучшие, до поры по разным соображениям гордого ума скрытые и подавляемые свойства души раскрылись в последние дни и часы жизни героя. Он стал проще, человечнее, естественнее. Вспомнил о страдающих родителях, прощаясь с Одинцовой, говорит почти как романтический поэт: «Дуньте на умирающую лампаду, и пусть она погаснет».
Пожалуй, лучшую характеристику герою романа дал сам автор. Тургенев писал: «Мне мечталась фигура сумрачная, дикая, большая, до половины выросшая из почвы, сильная, злобная, честная — и все-таки обреченная на погибель, — потому что она все-таки стоит еще в преддверии будущего».