Потому что Пушкин, который показал разбойника и мятежника Е. Пугачева с другой стороны, т. е он описал его как милостивого, не мог посвять свой роман казненному мятежнеку, иначе, его просто не пропустила бы цензура, поэтому Александр Сергеевич и придумал такое замысловатое название -- "Капитанская дочка", скрывающее истенность его мыслей.