Возникновение мужской обители «у Воробьевых круч, в Пленницах» к XIII в., но ранние документальные свидетельства о ней относятся лишь к середине XVI в. До конца XVI в. обитель называлась Преображенской пустынью.
Чудесное избавление Москвы от нашествия крымского хана Кызы-Гирея в 1591 г., случившееся в день памяти мученика Андрея Стратилата, подвигло москвичей соорудить в обители сначала деревянный, а затем в 1675 г. — каменный надвратный храм во имя святого мученика Андрея Стратилата. С тех пор монастырь стал называться Андреевским.
История обители связана с размещением в ее стенах с середины XVII в. учительного братства, объединившего образованнейших монахов «ради учения книжного», ставшего по существу первой по времени возникновения академической структурой в Москве.
В 1764 г. обитель была обращена в приходской храм, так как «оный оказался к собственному содержанию безнадежен».
В 1923 г. по представлению Замоскворецкого райсовета г. Москвы храм святого мученика Андрея Стратилата был закрыт.
Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II 14 августа 1991 г. было открыто Патриаршее подворье в бывшем Андреевском монастыре с храмами Воскресения Христова в Пленницах, апостола евангелиста Иоанна Богослова (архангела Михаила) и мученика Андрея Стратилата. Настоятелем подворья был назначен заведующий Синодальной библиотекойМосковского Патриархата священник Борис Даниленко. Распоряжением Правительства Москвы от 29 июля 1992 г. вышеперечисленные храмы были переданы «под патриаршее подворье».
Решением Священного Синода от 16 июля 2013 г. (журнал № 90) Патриаршее подворье в б. Андреевском монастыре преобразовано в Андреевский ставропигиальный мужской монастырь г. Москвы. Протоиерей Борис Даниленко освобожден от должности настоятеля Воскресенского собора б. Андреевского монастыря и Патриаршего подворья. Наместником Андреевского монастыря назначен управляющий Юго-западным викариатством г. Москвы