Для работы с микроскопом необходим хороший источник света. При естественном освещении рекомендуется работать у окон, обращенных на север. Микроскоп берут за среднюю часть тубу-содержателя и ставят на стол, протирают мягкой салфеткой окуляр и объектив, ставят объектив на малое увеличение и при помощи зеркала направляют свет так, чтобы он попал через отверстие столика в тубус микроскопа. Изучаемый материал должен быть тонким, чтобы свет проходил сквозь него, иначе в микроскоп будут видны только контуры препарата. В окуляр смотрят поочередно одним глазом, затем другим, так как глаза быстро устают. Вначале препарат рассматривают при малом увеличении. Не глядя в окуляр, при помощи макровинта к предметному стеклу приближают объектив приблизительно на 0,5 см, затем смотрят в окуляр, поднимают тубус микроскопа до появления изображения препарата и, слегка вращая микровинт вправо и влево, устанавливают тубус так, чтобы получилось отчетливое изображение. Если надо рассмотреть, материал при большом увеличении, то, не глядя в окуляр, медленно поднимают тубус микроскопа макровинтом. Легко поворачивая микровинт получают отчетливое изображение препарата. Интенсивность освещения регулируют с помощью диафрагмы или в кольцо под конденсором вставляют матовое стекло.
При работе с микроскопом следует сидеть удобно, не нагибаясь близко к окуляру. После каждого часа работы необходимо 10 мин отдыха. При засорении внутренних частей объективов и окуляров микроскопы сдают для чистки в специальные мастерские. Во время работы надо следить за состоянием объективов не допуская попадания жидкости на линзу объектива. Нельзя прикасаться пальцами к поверхности линз, так как при этом остаются жирные следы, мешающие четкому изображению. После окончания работы поднимают тубус высоко вверх и только после этого снимают препарат со столика. Все части микроскопа следует протереть сухой мягкой салфеткой. При выполнении указанных правил устраняется опасность испортить объектив и раздавить стекло. Хранят микроскоп в специальном ящике или под полкэтиленовым футляром.