Бах писал музыку как для отдельных инструментов, так и для ансамблей. Его произведения для инструментов соло — 6 сонат и партит для скрипки соло, BWV 1001—1006, 6 сюит для виолончели, BWV 1007—1012, и партиту для флейты соло, BWV 1013, — многие считают одними из самых глубоких творений композитора. Кроме того, Бах сочинил несколько произведений для лютни соло. Писал он также трио-сонаты, сонаты для солирующих флейты и виолы да гамба, сопровождаемых лишь генерал-басом, а также большое количество канонов и ричеркаров, в основном без указания инструментов для исполнения. Наиболее значимые примеры таких произведений — циклы «Искусство фуги» и «Музыкальное приношение» .